U lind më 15 maj 1951 në Prapashticë, Komuna e Prishtinës. Është i martuar, ka një vajzë dhe dy djem.
Jeton në Prishtinë, ku ka kryer shkollimin fillor, atë të mesëm dhe Fakultetin Ekonomik.
Ka magjistruar në shkencat organizative – Menaxhmenti Financiar dhe ka doktoruar në ekonomi, në fushën e Lidershipit të bizneseve.
Është profesor në Universitetin e Prishtinës, në modulet e Mikroekonomisë dhe Menaxhmentit Financiar dhe në Universitetin AAB&Riinvest.
Është zgjedhur Kryetar i Komunës së Prishtinës në dhjetor të vitit 2007.
Ndërkohë për mandatin e dytë në krye të Prishtinës ai kundërkandidat kishte Astrit Salihun e PDK-së.
Salihu u zhgënjye nga rezultatet që morri edhe pse bëri një fushatë të “egër” kundër Mustafës.
Mustafa disa herë ka kërkuar që ti ipet fund kualicionit me PDK-në. Ndërkohë në momentin kur Sejdiu morri vendim për shkëputje nga Qeveria Thaci, Isa Mustafa nuk u pajtua me këtë vendim duke thënë se “prishja” është bërë në kohë të papërshtatshme.
Mustafës, disa herë edhe në formë protestash nga Plisat I është kërkuar që të kandidoj për kryetar të LDK-së.
Ai cilësohet si shpëtimtar I partisë dikur më të madhe në vend.
Sipas një ankete të kryer nga ‘Gani Bobi” mbi 70 përqind e votuesve të LDK-së e duan atë për kryetar.
